Een zijarm van de Westerschelde, de Braakman genaamd, die tot in Boekhoute kwam tot rond 1600 maakte dat de haven van Boekhoute ontstond. De aanleg van dijken, die veel voorkomende overstromingen moesten voorkomen, zorgde ervoor dat de Braakman niet meer tot aan de dorpskom kwam. De haven werd toen verhuisd naar een meer noordelijk gelegen deel van het dorp, naar de wijk die vandaag de naam Haven draagt. Aan het einde van de 18e eeuw moest opnieuw verhuisd worden na de indijking van de Grote Isabellapolder. De haven bleef echter steeds verder verzanden. Naast de verzanding droeg ook het uit elkaar vallen van de Nederlanden in 1830 bij tot de teloorgang van de haven. Voor de Belgische onafhankelijkheid mochten de Boekhoutse vissers in alle binnenwateren van Zeeland vissen. Nadien konden ze enkel nog in de Braakman en in de Westerschelde vissen. Tot 1914 bleef deze haven in gebruik, ondanks grote moeilijkheden. Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd de haven door de Duitsers afgesloten. Het dorp lag in België, terwijl de haven al in Nederland lag. België was in oorlog en Nederland mengde zich niet in de strijd. De Duitsers vreesden dat het grensdorp en de haven zou gebruikt worden voor het overbrengen van militaire informatie. Na de Eerste Wereldoorlog werd, ondanks Belgisch protest, in Nederland de Dijckmeesterpolder aangelegd. Hierdoor moest nogmaals een nieuwe haven worden aangelegd, gelegen op ruim 2,5 kilometer van Boekhoute. België eiste de aanleg van een kanaal naast de nieuwe polder, die voor de uitwatering van de Belgische polders moest zorgen en de nieuwe haven van Boekhoute moest verbinden met de Braakman. Naast de spuisluis aan het begin van dit Isabellakanaal werd de nieuwe haven van Boekhoute aangelegd. In het begin van de 20e eeuw leefden nog 700 Boekhoutenaren van de visvangst. Aan het einde van de jaren 30 telde Boekhoute terug vijftig visserssloepen. De Braakman had echter de laatste decennia de neiging om sterk te verzanden en tijdens de Tweede Wereldoorlog werden er door Nederland geen baggerwerken uitgevoerd in de Braakman. Na de oorlog kon de vissersvloot van bijna vijftig schepen niet meer uitvaren. In de zomer van 1952 werd de Braakman, de verbinding tussen de vissershaven en de zee, afgesloten. Boekhoute was echter bij wet nog altijd een officiële vissershaven en had volgens het verdrag der XXIV artikelen uit 1839 het recht op toegang tot de Westerschelde. Een beperkt aantal vissers ging door met visvangst vanuit Terneuzen en vervoerde de vis over een tractaatweg (zonder tol of douane te betalen) via Hoek en Philippine tot in het dorp. Na een moeilijke periode in de jaren 60 zijn er anno 2003 nog een tiental vissersboten die onder Boekhoutse vlag vanuit Terneuzen actief zijn. De boten liggen in Terneuzen of Breskens en zijn te herkennen aan het opschrift BOU (naar de oude schrijfwijze Bouchaute). In het dorpscentrum, in het voormalige gemeentehuis, is tevens een bezoekerscentrum (Visserijmuseum) gevestigd waarin men meer te weten kan komen over de geschiedenis van Boekhoute.(bron:Wikipedia).

Dit vijzelgemaal verzekert de waterafvoer van het oostelijke pand van het Leopoldskanaal en de omliggende polders naar de Braakman aan de Westerschelde in Nederland. Het volledig vernieuwde gemaal is voorzien van vijf visvriendelijke vijzels. Uit onderzoek van het Instituut voor Natuur- en Bosonderzoekbleek immers dat 20 procent van de emigrerende palingen de oversteek via het pompgemaal niet overleefde.

Op 4 augustus 1914 valt Duitsland België binnen in Gemmenich aan het drielandenpunt bij Aken. Op twee maanden tijd wordt het hele land bezet. Het neutrale Nederland blijft buiten schot. In het late voorjaar van 1915 trekken de Duitsers een electrische draadversperring op langs de Belgisch-Nederlandse grens. De Dodendraad wordt de grens tussen oorlog en vrede. De Belgisch-Nederlandse grens is 449 kilometer lang. De Dodendraad zelf is maar 350 kilometer lang omdat een aantal in- en uitstulpingen van de grillige grens werden afgesneden. Het kunstwerk van Wesley Meuris maakte een abstractie van deze historische Dodendraad.

Monument ter herinnering aan de hevige strijd om de Isabellasluis en de Kleine Isabellapolder door het Algouquin Regiment van de 4e Canadese Pantserdivisie van 22 september tot en met 14 oktober 1944.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog vonden de Duitsers deze plaats een strategische plek. Aan de noordzijde was een open gebied met groot schootsveld. Ze legden er een bunkercomplex aan. Links ligt de observatiepost en rechts een tobroek met ondergrondse munitieopslagruimte. De bunkers zijn opgemetseld met een groot formaat gebakken stenen en deels met grote betonstenen.